Depende da forma em que era feito o amputamento do pênis do Eunuco.

A maioria dos Eunucos tiveram apenas os testículos amputados ou então era feito o amputamento parcial do pênis. Nesses dois casos, a urina continuava a sair pelo mesmo canal urinário.

Caso fosse feito o amputamento total do pênis e dos testículos, então a urina era eliminada pelo períneo, que é a estrutura que fica entre a bolsa escrotal e o ânus.

Fonte: https://www.doctoralia.com.br/perguntas-respostas/depois-que-o-penis-e-amputado-por-onde-a-urina-vai-sair