O intestino fetal, na ausência de infecção congênita, é estéril no útero. As bactérias que vêm colonizar o intestino são adquiridas durante o nascimento e pelo período um pouco depois, um processo que é muito influenciado pela forma como o bebê nasce.

Você pode obter animais livres de germes nascidos e criados em condições similares para pesquisa.

Então a resposta é SIM. Embora visto que o microbioma intestinal tenha efeitos metabólicos significativos, os animais, incluindo humanos, serão ligeiramente diferentes se não tiverem bactérias intestinais ou se tiverem bactérias intestinais diferentes. Eles serão mais propensos ou menos propensos a certas doenças. O estudo destas diferenças é um campo relativamente novo.

Fonte: https://pt.quora.com/Os-humanos-conseguem-sobreviver-sem-bact%C3%A9rias-intestinais

https://www.uol.com.br/vivabem/noticias/redacao/2017/11/23/sim-as-bacterias-do-intestino-importam-e-sao-a-chave-para-vida-saudavel.htm